药用塑料瓶封口方式密封性和阻隔性的提高，阻隔性需增加阻湿效果。密封方式的选用由瓶口、瓶盖的设计所决定，瓶口与瓶盖相互配合随着瓶口的外螺纹与瓶盖内螺纹的锁紧实现对瓶口的密封，若是平压式密封随着瓶盖的锁紧，瓶口平面与瓶盖内平面将密封垫片（如橡胶、纸板等）压合接触，从而达到密封的效果；侧壁式密封则是随着瓶盖的锁紧，瓶盖将被制成倒锥形或橄榄面形的内塞（可以是单独的，也可以与瓶盖一体的）压人瓶口内侧，靠内塞尺寸与瓶口内径的过盈配合实现密封,无论哪一种密封瓶盖的质量和与瓶口的配合是关键。
口服固体药用塑料瓶瓶口的密封大多采用带纸板的铝箔垫片电磁感应封口，密封效果很好，热封的铝销还有防伪和显示瓶口是否开启的作用。口服液体药用塑料瓶瓶口的密封一般采用侧壁密封，瓶盖为内塞式，并带有用细齿状连接桥连接在盖上的防伪圈，当药瓶开启时连接桥断裂，防伪圈脱落，说明瓶盖已开启。
药用塑料瓶瓶口和瓶盖的螺纹可设计为单头、双头或三头，螺纹截面可设计为半圆形、三角形、梯形等形状，采用何种形式主要应考虑盖与瓶口的密封性，以及开启和旋合的轻松、便捷。
