药用PET瓶的膨胀系数小，成型收缩率低，制成品尺寸稳定，机械融合度堪称佳。但由于其不奈高温，辐照会大面积破坏分子结构，所以高温去菌、辐照去菌都不适合他，那么PET瓶是如何去菌的呢？
药用PET瓶一般使用环氧乙烷去菌，原理是通过其与蛋白质分子上的巯基（-SH）、氨基（-NH2）、羟基（-OH）和羧基（-COOH）以及核酸分子上的亚氨基（-NH-）发生烷基化反应，造成蛋白质失去反应基团，阻碍了蛋白质的正常生化反应和新陈代谢，导致微生物死亡，从而达到去菌效果。目前比较流行的的是把环氧乙烷和惰性气体混合放入装满需要去菌的密闭容器，由于环氧乙烷穿透能力强，从而对包装好的产品进行去菌。PET瓶使用的是这种方式，环氧乙烷去菌仓中温度55度，刚好不会破坏PET材质的特性，所以这种方式成为目前PET瓶主流去菌方式。
