PET透明塑料瓶在开啓后，细菌和真菌会在瓶内潮湿或载有液体的环境下滋生，如再注水入瓶，新注入的水便会受到污染。.这些微生物一般都来自空气、人的手部或口部，或接触瓶口的东西。在温暖的环境下，细菌可随时间繁殖至有害的水平。不过，安全处理及妥善清洁能防止细菌滋生。
用作制造瓶的化学物（例如化学单体及添加剂）或会由瓶迁移至瓶内的水或饮料，不管这些瓶只是用过一次或已多次使用。塑料的化学物迁移量受多项因素影响，包括 与塑料接触物质的特性、接触的温度和时间。如正确使用塑料，化学物迁移量只会是微不足道，对消费者的健康不会构成风险。
PET透明塑料瓶含有微量锑。锑是一种用作制造透明塑料瓶的重金属。透明塑料瓶在贮存水期间，所含的锑能迁移到水里去。不过，食物安全中心过往的研究显示，PET透明塑料瓶装饮料的锑含量非常低（远低于世界卫生组织食水水质所订的指引值），不会对健康构成风险。不论哪一类塑料，化学物迁移均会随塑料的温度和接触时间一同增加。虽然更多化学物从透明塑料瓶迁移并不对健康构成风险，但可能会改变瓶内的水的色香味等感官特质，因此不宜让透明塑料瓶装水受阳光直接照射。
